Trường có quan hệ hợp tác, liên kết trong đào tạo và nghiên cứu khoa học với các Trường Đại học Y Dược trong cả nước, các viện khoa học Y học của Bộ Y tế.

Trường đã mở rộng hợp tác với một số tổ chức Quốc tế như UNICEF, WHO, SIDA, IHCA (Thuỵ Điển), FHI (Hoa Kỳ), FFI (Pháp), CEI (Italia), SEAMIC, Greifswald (Đức), Pecs (Hungary), Inovation (Nhật Bản) và các trường Đại học: Thiên Tân (Trung Quốc, Copenhagen (Đan Mạch)....